4 novembre 1864, après le massacre de ses parents dans un effroyable incendie, Arisu se retrouve internée à l'asile de Rutleges, soignée durant 10 années par un médecin détraqué du nom de Hieronymous Q.R. Wilson. Arisu souffre de la mort de ses parents ; en effet la jeune fille se crée un monde fantastique venant de sa propre imagination de petite fille.

À la suite de son traumatisme, l'univers joyeux et tendre de l'enfant se retrouve transformé en un enfer sombre et chaotique, où la cruelle Reine de Cœurs fait régner le cauchemar et l'horreur, perturbant le développement mental d'Arisu. Ce trouble mental provoque à Arisu, des crises de folies dont les conséquences sont parfois abominables (perte de son oeil après automutilation). Jusqu'au soir, où le Shiro Usagi (créature de son univers fictif) lui vienne en aide en la faisant repartir dans son pays imaginaire (parfois glauque et parfois joyeux) pour l'aider à découvrir la véritable raison de l'incendie qui a brûlé sa maison et tué ses parents. Il pense que l'aider à retrouver sa mémoire permettra d'arrêter le Train Infernal qui détruit sa santé mentale.